とても初歩的な質問だと思いますが、よろしいでしょうか？
仕事でDocker Desktopを使い始めたばかりです。
k8sやcloudnativeというものも気になっていますが、まずはdockerを使いこなしたいです。
そもそもコンテナとDockerの違いが分かりません。
docker runでコンテナを起動できます。
手順通りは動かせますが、仕組みなど理解できていません。
先日も本屋に行ったのですがコンテナの本がたくさん並んでいて、どれを買えばいいのか良く分かりませんでした。
おすすめの本か何かあれば教えてほしいです。
早速の質問ありがとうございます 
本ではありませんが、公式ドキュメントのチュートリアルがよくできていると思います。Docker Desktop を使って一通りの開発体験が学べるようになっています。
Dockre の基本的な概念に始まって、ボリュームやバインドマウント、Docker Compose に至るまで一通りコンパクトに勉強できますので、おすすめです。
日本語訳はこちらです。
Part 1：概要説明とセットアップ — Docker-docs-ja 20.10 ドキュメント
http://docs.docker.jp/get-started/index.html
本は最近も色々出ていますね。私も先日本屋に出かけ、Dockerとkubernetes関係で棚の一角が埋まっているのを見て、これは初見だと悩むだろうなぁと眺めていました。
古い書籍は、書いてあることが古い場合もあるので、そこだけ注意でしょうか。
本の場合は、パラパラめくっていただいて、ご自身で理解されやすい本をお選びいただくのが良いのではと思います。
ドキュメントは知らないので読んでみます。